לשכת המדען הראשי במשרד החינוך הוקמה כחלק מיישום החלטת ממשלה 882 משנת 1969, להקמת יחידות מדען ראשי במשרדי ממשלה. המדען הראשי הוא חבר בהנהלה של משרד החינוך.
ייעוד היחידה הוא לשמש גשר דו-כיווני בין המחקר האקדמי ובין מערכת החינוך: מחד, ביסוס המדיניות על ידע מחקרי עדכני ואיכותי מן הארץ והעולם, ומאידך, עידוד חוקרים באקדמיה לעסוק בסוגיות רלוונטיות ויישומיות לשדה המקומי. ייעוד זה הינו בהלימה להמלצות הוועדה הציבורית להגדרת תפקיד המדען הראשי במשרדי הממשלה ("ועדת בן ישראל", 2011).
שלושת תחומי הפעולה העיקריים של היחידה הינם:
- חממה למחקר (מחקרים יזומים) - יצירת ידע מחקרי-יישומי חדש ע"י חוקרים ממוסדות להשכלה גבוהה.
- ייעוץ מדעי ליחידות המטה של המשרד, באמצעות סינתזה של ידע מחקרי קיים, לתמיכה בתכנון ובקביעת מדיניות, ולקידום תרבות של "ארגון לומד ממחקר".
- רגולציה על ביצוע מחקרים במוסדות חינוך ובאמצעותם, לרבות קביעת הנוהל וכללי יישומו, בדיקת בקשות חוקרים לביצוע מחקר והענקת היתרים.
תחומי פעילות משניים:
- חישוב מדד הטיפוח של מוסדות חינוך ורשויות מקומיות
- הנגשה של ידע מחקרי קיים למנהלים ולמורים (מרכז מידע במדעי החברה של מכון סאלד)
- השתתפות במהלכי שקיפות של נתונים לחוקרים ולציבור הרחב (חדר המחקר הוירטואלי, שקיפות חינוכית, התמונה החינוכית)
- חברות בוועדות של המשרד - קליטת עלייה, אוטונומיה בית ספרית, ועוד
- השתתפות שוטפת בצוותים מקצועיים בתוך המשרד הנוגעים לתכנון ומדידה
- השתתפות בוועדות וצוותים בין-משרדיים – פורום המדענים הראשיים, מועצה מייעצת ללמ"ס, ועוד