אגף זה מרכז את פעילות המזכירות הפדגוגית בתחומים שאינם פדגוגיים. האגף אחראי על תכנון ומימוש התקציב יחד עם מנהלי האגפים ומנהלי תחומי הדעת ובהתאם לתוכניות העבודה. בנוסף, באחריות האגף תחום משאבי האנוש של עובדי המזכירות הפדגוגית וכן הפקה ופרסום של ספרי לימוד במקצועות השונים.
האגף עובד בממשקים עם יחידות שונות במשרד בכדי לסייע לאגפי הדעת לעמוד ביעדים שהוגדרו. במסגרת ביצוע התקציב מפרסם האגף מעת לעת מכרזים לספקים וקולות קוראים לבתי הספר בתחומים שונים.