אגף זה מרכז את פעילות המזכירות הפדגוגית בתחומים שאינם פדגוגיים. האגף אחראי על תכנון ומימוש התקציב יחד עם מנהלי האגפים ומנהלי תחומי הדעת ובהתאם לתוכניות העבודה. בנוסף, באחריות האגף תחום משאבי האנוש וההדרכה של עובדי המזכירות הפדגוגית.
האגף עובד בממשקים עם יחידות שונות במשרד בכדי לסייע לאגפי הדעת לעמוד ביעדים שהוגדרו. במסגרת ביצוע התקציב מפרסם האגף מעת לעת מכרזים לספקים וקולות קוראים לבתי הספר בתחומים שונים.