הבקרה היא מעצבת ומשמשת למטרות מעקב ומשוב. באמצעותה ניתן לאתר קשיים ולעזור למורים ביישום מבניות המעבדה בכיתותיהם.
הבקרה מתבצעת בזמן התהליך (בכיתות י"א ו- י"ב) וגם בסיומו.
יש שלוש דרכים לביצוע הבקרה:
על- ידי המדריכים המחוזיים והארציים אשר יבקרו בבתי הספר (במהלך הלימודים).
באמצעות הבחינה בעל-פה או בכתב (בתום הלימודים).
באמצעות בדיקת הדוחות השנתיים של המורים שיתבקשו להגיש אותם בתום שנת הלימודים.
הבקרה באמצעות המדריכים
המדריך יקבע את מועד הביקור בתאום עם המורה המלמד.
הבקרה תתמקד בנקודות הבאות:
- עיון בתיקי התלמידים (בצורה מדגמית).
- עיון בתיק המורה ושיחה עם המורה המלמד על התמודדותו עם יישום יחידת המעבדה.
- צפייה בכיתה המבצעת ניסוי חקר (לא חובה, במידת האפשר).
בתום הביקור, המדריך ימלא דו"ח מדריך בשני עותקים: עותק אחד יוגש למורה המלמד והעותק השני ישלח לפיקוח על הוראת הכימיה.
הבקרה באמצעות הבחינה בעל-פה
במהלך הבחינה המורה הבוחן יעיין בתיק העבודות של התלמיד.
בתום הבחינה של כל התלמידים, שלא בנוכחות המורה המלמד, המורה הבוחן ימלא טופס דיווח לפיקוח- טופס גוגל (לא בנוכחות המורה המלמד).
בנוסף, המורה הבוחן יסרוק את 
דף הדיווח על הבחינה בע"פ וישלח בדוא"ל לפיקוח על הוראת הכימיה
הדו"ח השנתי של המורה
בסוף שנת הלימודים מורה (ותיק או חדש), אשר קיבל הודעה על כך, יגיש לפיקוח את הדו"ח השנתי
על יישום יחידת המעבדה בכיתה או בכיתות שבהן הוא מלמד.
הדו"ח השנתי יכלול:
- רשימת פעילויות המעבדה שבוצעו.
- דפי ההנחיה לכל אחת מפעילויות המעבדה שבוצעו.
- 3 דוחות של ניסוי ברמה 2 מלא (דו"ח טוב מאד, דו"ח טוב ודו"ח בינוני), בצרוף דפי ההערכה של המורה.
- סיכום רפלקטיבי של המורה על דרך התמודדותו עם מעבדת החקר.
בדיקת הדו"חות השנתיים
בדיקת הדוחות השנתיים תבוצע על-ידי המדריכים.
הבדיקה תתמקד בנקודות הבאות:
- ייצוג נושאי הלימוד בפעילויות המעבדה שבוצעו.
- מידת ההתאמה של רמת הניסויים לדרישות התוכנית.
- רמת הפירוט והבהירות של ההנחיות שניתנו לתלמידים.
- מהימנות ותקפות ההערכה של דוחות התלמידים.
הממצאים יסוכמו על גבי טופס אחיד, משוב לדו"ח השנתי, ויועברו למורה ולמפמ"ר.
דו"ח מדריך
הדיווח על הבחינה בע"פ
משוב לדו"ח שנתי על מעבדת החקר
משוב לדו"ח שנתי על מיני מחקר רמה 3
דוח בוחן חיצוני מעבדת החקר-קישור לטופס